בית הספר לחינוך מיוחד של "הרי ירושלים" מוכר כבית ספר ירוק. מתוך אמונה בחשיבות נושא איכות הסביבה ובחשיבות הקנייתו מגיל צעיר, איכות הסביבה והחינוך הסביבתי הם חלק מתכנית הלימודים. ילדים צעירים נמצאים בשלב מתאים לרכישת הרגלי חיים מקיימים ולבניית קשר לסביבה. כדאי וחשוב שקשר זה יבנה על התפעלות, שמחה וכבוד לסביבה. אזרחות פעילה בתחום הסביבתי צריכה להיות מבוססת על היכרות, קשר אישי לסביבה והבנת חשיבות השמירה עליה, לכל אחד מאתנו. היכרות עם הטבע והסביבה הקרובה, תוך שילוב של למידה בסביבה חוץ כיתתית, מהווים בסיס להעמקת חווית הלמידה מתוך שמחת הגילוי ועידוד הפליאה. 

תכנית הלימודים כוללת נושאי לימוד שנתיים לשכבות הגיל השונות כגון "טבע עירוני", "מים" ו"חומרים". במסגרת הנושא "טבע עירוני" נחשפים התלמידים לעושרו ולחשיבותו של הטבע על סף דלתם. בין נושאי הלימוד נחשפים למגוון מינים, ציפורים, אדם וטבע, אזרחות פעילה, היכרות עם מיני צמחים וחרקים, השפעת הגשם על הסביבה ועוד. הלמידה לא מתרחשת רק בחלל הכיתה אלא משלבת למידה בחלקת טבע עירוני הקרובה לפנימייה במטרה לאפשר לילדים הזדמנות לחוויה, היכרות ולמידה ישירה עם הטבע הקרוב. נושא המים נלמד תוך שילוב של היבטים מתחום המדעים ומתחום החינוך הסביבתי. גם פה הלמידה משלבת יציאה מחדר הכיתה על מנת להכיר מקרוב את המקום המיוחד של המים בעולמינו תוך עידוד שימוש בעבודת חקר ובעריכת תצפיות ובמקביל ניתן עידוד למעורבות ועשייה חברתית בתחום השמירה על המים. נושא החומרים כולל בתוכו היכרות עם חומרים שונים, מקורם והשפעתם על הסביבה. לומדים על החשיבות של שימוש נכון בחומרים ואת עקרון מש"ה; מיחזור, שימוש חוזר והפחתה. במקביל הם עוסקים באיסוף בקבוקים לפיקדון, ומשלבים למידה עם עשייה חברתית.

בבית הספר פועלת כבר כמעט 8 שנים המועצה הירוקה. המועצה מורכבת מנציג מכל כיתה שנבחר בגלל הענין של התלמיד בנושא הסביבה. ילדי המועצה עוסקים בהובלה של אורח חיים מקיים בפנימייה, במקביל ללמידה על נושאים סביבתיים שונים (טביעת רגל אקולוגית, תרבות הצריכה, קיימות, בעלי חיים בסכנת הכחדה, ציפורים וצמחים מקומיים וכיו"ב). במסגרת המפגשים לומדים הילדים מושגים הקשורים לאנרגיה ועל הזיהום הנגרם עקב שימוש במקורות אנרגיה מסוימים. הילדים דנים בדרכים בהן הם יכולים למנוע בזבוז חשמל בחיי היומיום שלהם ומקיימים מעקב אחר חיסכון בשימוש בחשמל בביתנים תוך פיתוח מודעות לחיסכון. כמו כן, עובדים חברי המועצה הירוקה בגינה אקולוגית שבשטח בית הספר. הם זורעים ושותלים צמחים, ולומדים על התועלת שצמחים מביאים לאדם, ועל הסיבות לשמור ולטפח את הצמחייה הטבעית.

בבית הספר אנו שואפים לנהל, במידת האפשר, אורח חיים מקיים. לצורך כך קיים מרכז מחזור קהילתי שמשרת את קהילת הפנימייה; ילדים, הורים, עובדים ומשפחותיהם. במרכז המחזור ניתן למחזר סוללות, נייר, בקבוקים לפיקדון ובקבוקי פלסטיק. כמו כן, קיימים פרויקטים לאיסוף מי גשמים לצרכי השקיה וקיימות וכמה חוות סולריות על גגות המבנים.