מוסד בני ברית שם לו למטרה לספק לילדים מסגרת טיפולית המבטיחה יציבות, עקביות והתמדה. לצורך זה, המוסד מפעיל מערכת עניפה של הדרכה וליווי עבור אנשי הצוות העובדים ישירות עם הילדים על מנת להבטיח את הישארותם בתפקיד ולמזער עד כמה שאפשר את אפקט ה-'burnout', המחליש את יכולת העובד להתמודד עם ה'תפריט' המתמיד של עלבונות, כעסים, קללות והתנהגות אלימה שהיא מנת חלקו בעבודתו עם הילדים תחת טיפולו.

חלק ניכר מכמאה אנשי הצוות עובד במוסד תקופות ארוכות מאד, מחמש ועד שלושים וחמש שנה. דבר זה תורם רבות לפיתוח שיטות טיפול חדישות המותאמות לשינויים באוכלוסיית הילדים ולמצב הנפשי של הילדים.  הצוות המטפל צובר ניסיון עשיר מאד המלווה בהבנה עמוקה המובילה לעשייה יצירתית.

כל יחידה של 14 ילדים – בנים ובנות – מלווה בצוות של שמונה מטפלים: 2 מדריכים, 3 מורים, עובדת סוציאלית, פסיכולוג, רכז יחידה.

כל אנשי הצוות מקבלים שעות הדרכה שבועיות, משתתפים בסמינרים מקצועיים, לומדים במסגרות הכשרה מיוחדות ונתמכים לאורך כל הדרך על מנת לאפשר להם לדון בבעיות שוטפות, ברגשות וקשיים, לתת להם כלים להתמודדות יעילה יותר ולפתח את כישוריהם כמטפלים המחויבים ליצור קשר ותקשורת בריאים עם הילדים בטיפולם. פסיכיאטר ילדים מלווה את עבודת הצוות באופן תמידי.

ההתמדה של איש צוות הקשור ליחידת ילדים מאפשרת לכל ילד למצוא את המודל לחיקוי המתאים לו ובדרך זו להיעזר בו כדי להתחיל את תהליך השיקום.

הילדים נמצאים במערך טיפולי כל זמן שהותם במוסד. רב הילדים מקבלים 2-3 שעות שבועיות של פסיכותרפיה אישית. בנוסף, המוסד נותן מסגרות טיפוליות נוספות העונות על צרכים ייחודיים של הילדים. בפינת החי פועלת מערכת טיפול בעזרת חיות המופעלת על ידי מטפלת מוסמכת; יש צוות של שלוש מורות המטפלות באומנות, מטפלת במוסיקה ומרפא בעיסוק. 

המערך הטיפולי שם דגש על התאמה אישית לכל ילד וילדה ונמנע ככל האפשר ממתן תרופות כחלק מהתוכנית הטיפולית.